滴灌系统施肥，一方面由于可溶肥随着水直接施入作物根系密积区，作物棵间空地上无任何肥料浪费。另一方面滴灌是以小流量滴水的形式渗入根区，非常容易控制。水、肥均不会有深层淋洗浪费。滴灌施氮，肥效可达74%，而传统施法不会超过30%。 采用滴灌系统施肥的缺陷是有可能堵塞滴头。肥料需要是可溶的，不可溶的肥会迅速堵塞滴头。肥料原料之间化学反应还会产生沉淀，时间一长，沉淀物会堵塞滴灌系统。 利用滴灌系统施肥，要认真研究肥料的溶解性。不溶、溶解度低、或在某种条件下易发生反应而形成沉淀的肥料均应该避免选用。 大部分固态化肥包衣。为了避免包衣对滴灌系统产生堵塞，尽量选取少量样品放入溶解罐中搅拌，然后观察包衣的溶解情况。如果溶解后包衣物质沉淀到罐底，在施用时，让注肥器吸取上层溶液，不要搅动肥料溶液整体。