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蚯蚓粪抑制土传病害的另一方面体现在蚯蚓粪中含有数量的拮抗微生物，其中经检测和鉴定的有球孢链霉菌和丁香苷链霉菌。链霉菌能产生及其他次生代谢物，并利用可溶性有机质产生胞外水能酶，通过渗入介质中的菌丝将所分泌的水解酶集结为很高的浓度，使其在土壤中具有很强的竞争力，从而抑制其他病害菌的繁殖，减少植物土传病害的发生。

多家研究机物对蚯蚓粪微生物的作用机理进行了多年研究，取得了大量的研究成果，归纳起来主要有以下五个方面的机理：一是通过有益微生物的生命活动，固定转化空气中不能利用的分子态氮为化合态氮，解析土壤中不能利用的化合态磷和钾为可利用态的磷和钾，并可解析土壤中的10多种中，微量元素。二是通过有益微生物的生命活动，分泌生长素、吲哚酸等植物素，但进作物生长，调控作物代谢，按遗传密码生产的产品。三是通过有益微生物在根际大量繁殖，产生大量粘多糖，与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机胶体相结合，形成土壤团粮结构，增进土壤蓄肥、保水能力。四是蚯蚓粪中的大量微生物增加了土壤中的微生物数量和活性，限制了病原菌繁殖的发挥。五是蚯蚓粪中的有益微生物还能产生拮抗活性好、限制病原菌的生长，使植物土传病害得到抑制。

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生物有机肥和有机肥的不同点主要在于：

1、生产工艺不同

生物有机肥是在发酵腐熟的有机肥中加入有益菌制成的，生产工艺的核心是菌种培养，而有机肥的生产工艺是有机肥的腐熟。

2、考量指标不同

生物有机肥以有效活菌数和有机质为考量指标。由于再次接种菌种会带来新的碳损，生物有机肥在要求活菌数之后对有机质要求比有机肥略低。 菌种在高浓度的盐分下不会成活，另外接种后会引起碳损，因此一些生物有机肥包装上标注的有机质、无机盐的含量值得斟酌。

自有农耕之后，有机肥料就登上了历史舞台，多年前之前的人们就会将各种动植物残体回田以提升地力，提高作物的产量和品质。

有机质原始态，包括蛋白质、脂肪、淀粉、纤维素、半纤维素和木质素等，是没有改良土壤的作用的，也不确定能被植物直接利用，须转化成腐殖质才行。转化的过程还伴随着有害物的释放，而对有害物质无害化处理的过程，就是有机肥的生产过程，完成了这个过程的物质就是有机肥了。

生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且具有化肥达不到的效果。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成，只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。

广义上的有机肥俗称农家肥，包括以动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。

有机肥主要来源于植物和动物，施用于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料，经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而成，消了其中的有害物质，含大量有益物质，包括多种有机酸、肽类以及包含氮、磷、钾在内的元素。不仅能为农作物提供营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促微生物繁殖，改土壤的理化性质和生物活性，是生产的主要养分。

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