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各种 水中常含有 数量的微生物，水中微生物主要来源有：水中的水生性微生物（如光合藻类）、来自土壤径流、降雨的外来菌群和来自下水道的污染物和人畜的排泄物等。水中的病原微生物主要来源于任何动物的传染性排泄物。
 
水质微生物检测项目：
一：菌落总数
二：总大肠杆菌群
三：耐热大肠菌群
 
所以国家饮用水标准GB 5749-85规定，菌落总数不得超过100cfu/g（ml），所用的方法是稀释平板计数法